.htaccess 等の "." で始まるファイルは
いわゆる隠しファイルとして扱われます。
隠しファイルなので通常は表示されないのですが
.htaccess を編集したり削除したりする必要がある場合、
これを表示する必要があります。
さてこの方法ですが、ログインの画面を表示します。
設定をクリックして『ログ』をクリックします。
出てきたウインドウで『隠しファイルを表示する』の
チェックを入れることでリモートの隠しファイルが表示されます。
ちなみにファイラの画面からだとこの画面へは
メニューの『オプション』→『環境設定』から行くこともできます。