なかなか妙な現象に遭遇しました。
USB メモリにあるファイルを直接編集し、
それを PDF に変換して保存します。
その PDF ファイルを削除します。
すると画面からは消えます。
F5 キーを押す等して最新の状態にします。
PDF が復活するので首をかしげます…
実は以前私も経験したのですが、
USB メモリが壊れかけていて
削除もフォーマットもできなくなる…
という現象？と思い新しい USB メモリを
購入してもらったのですがこちらでもなる…
なので私も首をかしげる… (´・ω・`)
USB メモリは元々 FAT でフォーマットされていたので、
一旦 NTFS でフォーマットしなおしてやると
問題なくできるようになりました。
FAT だからなるというわけでもないでしょうに…
とは思ったのですが、おかしい場合は
一旦フォーマットというのは有効な場合があります。
ただ、一応申し上げておきますと、
USB メモリは一時保存のツールで、
バックアップ程度（他にオリジナルデータがある）なら
問題はないのですが、USB メモリにしかデータがない
という状況は絶対に避けてください。
何人もそれで泣いた人を知っていますし、
私だけでも 4 ～ 5 本壊してます。
ちなみに使用期間もあるかもしれませんが、
短いものでは半年で壊れました
（でもそこそこ有名なメーカー）。
私的にはティッシュペーパー程度の信頼度しかないので、
絶対に USB メモリに入れておけば大丈夫という
とんでもない考えはやめてちゃんとバックアップを取ってください。