FFFTP を使っていて便利な機能が
ミラーリングアップロードとミラーリングダウンロード。
ローカル側とサーバ側でファイルの同期をとる時の定番です。
しかしサーバによってはこのミラーリングに失敗することがあるようです。
『接続』→『ホストの設定』→サーバを選択し
『設定変更』→『高度』タブ→『可能であればMLSDコマンドで一覧を取得』
のチェックを外す…
何度も同じ内容なのに正常にミラーリングしない場合、
この操作をすることで改善することがありますので、一度お試しください。
FFFTP のフォーラムでも話題になっていましたが、
恐らくホストのMLSDコマンドの応答がRFC 3659に準拠していない
ということでそういう見えないところのトラブルはなかなか気づきませんよね。