FFFTP で大量のファイルを転送する際に、転送エラーが出て
アップロード／ダウンロードできないことがあります。
開発がオープンソースに引き継がれ FTPS に対応する等した結果、
暗号化をオンにすると転送失敗のリスクが増すようです。
『接続』→『ホストの設定』→サーバを選択し
『設定変更』→『暗号化』タブを開き
『暗号化なしで接続を許可』にチェックし
他のチェックを外す…
この方法で転送ミスはなくなるかと思いますので、
お困りの方は一度お試しください。
暗号化しなくて大丈夫なのか？という考え方もありますが、
サーバが対応していないと意味がないので、
ここは割り切るしかないでしょうね。